影响试管移植成功率的第二个重要因素是胚胎本身的质量，因为胚胎是生命之源，若是胚胎本身的质量不佳，或是染色体异常等，那么就会影响胚胎顺利着床，导致移植失败。或是出现孕期胎停、流产等不良情况

做试管婴儿需要健康的子宫，犹如种地需要肥沃的土壤。因此当子宫环境出现异常，如子宫息肉、子宫肌瘤、宫腔粘连、或者输卵管积水等各种病变时，都可能降低移植的几率。对于反复失败患者，如果有这些症状的话

生化妊娠是指精卵确实结合了，用早孕试纸可以测出来，但受精卵由于某些原因没能好好地在子宫内膜上着床，最后无处可去，只能无奈地被排出体外。此时女性可观察到早孕试纸又回到了“一道杠”，像是怀了一场“假孕”。

第三代试管婴儿PGS/PGD技术在移植前对囊胚的23对染色体进行全面筛查，准确评定囊胚是否存在染色体数目异常或结构畸变问题，同时针对基因突破点进行诊断，可很好地阻隔地中海贫血、脊髓型肌萎缩等200多种遗传病

对于卵巢发育不良、卵巢缺如或者卵巢功能异常的女性，因不能产生雌激素和孕激素，使得子宫内膜不能发生周期性变化，由此也就不会出现子宫内膜脱落、月经来潮的现象。典型的就是特纳综合征患者，主要由染色体异常所致

黄体功能不全对试管婴儿周期是有影响的。因为正常黄体机能的维持有赖于丘脑-垂体-卵巢性腺轴功能的完善，当丘脑-垂体-卵巢性腺轴功能出现异常，那么会导致垂体分泌的黄体生成素(LH)和促卵泡生成素(FSH)不足，就会造成黄体功能不全，使得卵泡无法正常发育成熟，从而影响促排效果